Hendrik van Benthem "de Jonge" was afkomstig uit Zutphen. Hij was een zoon van Arent of Arnoldus van Benthem, organist van de Sint Walburgiskerk aldaar en broer van diens opvolger Theodorus van Benthem. Hendrik werd bij resolutie van Schepenen en Raden van Kampen van 6 februari 1664, aangesteld als organist van de Bovenkerk en tegelijk als klokkenist op het nieuwe Hemony-klokkenspel inmiddels hangend in de toen zeer nieuwe 'Nieuwe Toren'. Zijn oom, Hendrik van Benthem "de Olde", de organist van de Broederkerk, was bij zijn benoeming aanwezig. Zijn salaris voor deze functie bedroeg 450 gulden met vrij wonen, op voorwaarde dat hij twee maal per dag het klokkenspel bespeelde. Met kerstmis 1664 werd hij ingeschreven als lidmaat van de Gereformeerde Kerk. In april 1666 trad hij in het huwelijk met de Amsterdamse Lysbeth van Ceulen. Uit dit huwelijk werden in Kampen vier kinderen geboren: Arent (1666), Hendrik (1667), Christina (1669) en Cornelia (1671). Halverwege 1673 vertrok hij naar Amsterdam, waar hij suppoost werd. Wat de reden voor zijn vertrek was, is niet geheel duidelijk. Wellicht hangt het samen met de algehele restauratie van het orgel in de Bovenkerk - zijn salaris werd in deze tijd gehalveerd, omdat hij nog slechts als klokkenist werkzaam was - of ook met de Franse bezetting. In 1681 kwam hij nog een keer naar Kampen terug bij de verkoop van het huis uit de erfenis van zijn oom. Hendriks dochter Cornelia trouwde met de wijnkoper Jodocus Revius uit Deventer.