De constructie dat een orgelmaker als organist fungeerde beviel blijkbaar goed, want Van Dijks associé werd tot zijn opvolger benoemd. Proper fungeerde enige tijd als organist in de afgescheiden gemeente van Hoksbergen. In 1870 deed hij mee aan een vergelijkend examen voor organist van de Broederkerk. Van 1877 tot 1894 was hij organist van de Burgwalkerk. Zijn salaris ving in 1894 aan met f 200,- per jaar. In 1906 werd dit verhoogd tot f 250,- en in 1917 tot f 275,-. Voor het stemmen van twee orgels ontving hij f 75,- op jaarbasis, met de verplichting jaarlijks enkele orgelconcerten te geven. Van zijn kwaliteiten als organist weten we weinig. Proper trad slechts bij uitzondering op als concertgever. Het maken van orgels leerde hij bij zijn oom Zwier van Dijk, vermoedelijk vanaf 29 mei 1871 toen hij van Heerde naar Kampen kwam. Omstreeks 1880 komen we Proper echter ook als zelfstandig orgelmaker tegen. Jan Proper overleed op 4 november 1922.