Johan Thijssen of Jan Matthijsen werd in 1587 of 1588 geboren. In de Kamper rekeningen komt hij voor als Thijssen, in andere bronnen als Matthijsen. Voor zijn taak als organist van de Bovenkerk ontving Thijssen jaarlijks 160 gulden en voor het stemmen 5 gulden. In 1612 kreeg hij nog één kwartaal uitbetaald. Zijn vertrek hangt samen met zijn benoeming op 9 januari van dat jaar tot organist van de Grote- of St.-Clemenskerk te Steenwijk. Hier kreeg hij 200 gulden per jaar en "vrij wonen". Thijssen was in Steenwijk ook schoolmeester. In 1625 kreeg hij samen met zijn broer Gerrit het "benefice" van de nalatenschap van hun moeder, Derkien Malers Wysemoer. Johan Thijssen overleed te Steenwijk op 24 december 1636.