Uit zijn aanstellingsbrief van 4 februari 1565 blijkt, dat hij nog niet direct als organist in functie trad. Hij moest eerst een jaar lang in de leer gaan bij een "experten meister ende organist" om "wel ende bequamelijck toe leren spoelen". Heer Goessen van Voerst zou dat jaar waarnemen. Na de genoemde leertijd zou hij dan voor drie jaar benoemd worden op dezelfde voorwaarden als zijn voorganger Jacob Borchartsz., waarna hem een beter tractement in het vooruitzicht werd gesteld. Blijkbaar had hij zijn leertijd goed besteed, want hij bleef zeer lang organist van de St. Nicolaas- of Bovenkerk. Hij moet daarbij ook plooibaar zijn geweest, want zowel in de tijd van de bezetting door graaf Willem van den Berg als in de periode van Rooms-Katholieke restauratie van 1572-1578 en in de tijd van de Hervorming na 1580 bleef hij als organist op zijn post. Daarbij bleef hij katholiek. Gedurende het bewind van Van den Berg (11 augustus tot 19 november 1572) was zijn positie echter onzeker. Wellicht was gedurende enkele maanden Gerrit Lucasz., later organist van de Heilige Geest Gasthuiskerk en de Broederkerk, de 'officiele' organist. In de rekeningen van de kerkmeesters van de St.-Nicolaaskerk komen we Andriessen voor verschillende posten tegen, samen met Heer Jan (priester van de vicarie van St.-Marie in de Bovenkerk en organist van de Buitenkerk). Zij repareerden bijvoorbeeld het kleine orgel en deden kleine herstellingen aan het grote. Na de dood van de zangmeester Jan de Vos van Mechelen in 1574 nam Willem Andriessen een aantal jaren diens post waar. In 1581 gingen Heer Jan en Willem naar Zwolle om orgelmakers te verzoeken naar Kampen te komen om het orgel in de Bovenkerk te repareren. Andriessen overleed in 1608.