In 1942 kreeg de firma Sanders opdracht tot het vervaardigen van een nieuw pedaalklavier van 27 toetsen. Ook werd de Vox Humana vernieuwd en een nieuw walsbord aangebracht, met 27 walsen en 54 abstracten. Een nieuwe orgelbank completeerde deze revisie.

Start grote restauratie van de Bovenkerk (1957)
In 1957 werd een begin gemaakt met de grote restauratie van de Bovenkerk. Het orgel werd door de firma Sanders grotendeels uit elkaar genomen en opgeslagen op de zolder van de Broederkerk. Het Utrechtse bedrijf J. de Koff en Zoon reorganiseerde de opslag, voegde de in 1957 nog niet gedemonteerde delen toe, inventariseerde het gehele orgel, verrichtte metingen en maakte van dit alles uitgebreid rapport op. Vooral de pijpen-inventarisatie hierin met mensuren is van belang. De restauratie van de kerk vorderde intussen gestaag.

Orgel teruggeplaatst in de Bovenkerk (1965)
In 1965 - het koor van de kerk was toen met een houten wand afgescheiden van het schip - werd het Rugwerk van het nog niet gerestaureerde orgel teruggeplaatst naar de Bovenkerk, omdat men behoefte had aan een orgel voor de kerkdiensten. In 1966 werd de eerste fase van de kerkrestauratie afgesloten.

Toch waren, de conclusies en de bij eengezochte gegevens niet voldoende om het orgel te kunnen restaureren. Daarvoor moest eerst het gehele orgel tijdens de restauratie onderzocht worden. Als orgelmaker werd de firma Bakker en Timmenga uit Leeuwarden aangetrokken. Het werk vond plaats onder supervisie van dr. H.L. Oussoren. Hij kwam helaas voortijdig te overlijden en werd opgevolgd door O.B. Wiersma van de Rijksdienst voor de Monumentenzorg. 

1. De windvoorziening buiten het orgel. 
Alle 7 originele spaanbalgen werden ter plaatse gerestaureerd. Twee verdwenen trapbalken werden nieuw bijgemaakt en er werd een nieuwe windmachine geplaatst. De winddruk werd 70 mm waterkolom. Ter voorkoming van sterke schommelingen in de winddruk  - welke konden ontstaan doordat de windvoorziening bij de uitbreiding door Schnitger/Freytag in 1788/1790 van het pedaal was afgeleid van die van het Rugwerk - werd een door een registerknop te bedienen schokbalg gemaakt op het kanaal naar het Rugwerk. De mogelijkheid het orgel door middel van orgeltreders (calcanten) van wind te voorzien bleef gehandhaafd. Het register Calcantenklok is echter verdwenen, hoewel de knop "Calcant" nog op het orgel aanwezig is.

Bovenwerk: 
De Zwelkast werd verwijderd en de uitbouw van circa 50 cm aan de achterkant van het orgel werd weggenomen. De lade werd gerestaureerd en de kantsleep voor de Clarinet 8' verwijderd. Van het pijpwerk werden de Octaaf 4' en de Scherp 2-3 sterk aangepast aan de Hinsz-Octaaf 4' van het Rugwerk. De Nassat 11/2 kreeg aanpassing op de beide Fluiten 4' en 2' van het Bovenwerk. De Speelfluit 3' van het Rugwerk werd op zijn oude plaats op het Bovenwerk teruggezet.

2. Het nieuwe Bovenwerk
Bij de restauratie moest een belangrijke principiële keus gemaakt worden: moest men terugrestaureren tot de dispositie van 1790 of moest worden gekozen voor het instrument zoals dat er in 1866 had uitgezien. In het eerste geval moest prachtig pijpwerk uit de periode tussen 1790 en 1866 worden verwijderd. 

De gevonden oplossing, "het ei van Columbus" volgens Vente, was mogelijk, omdat men gebruik kon maken van de bestaande ruimte tussen Hoofdwerk en Bovenwerk. In deze ruimte kon een nieuwe lade geplaatst worden, het tweede bovenwerk. Op deze lade kwamen at de negentiende eeuwse stemmen welke het waard waren behouden te blijven. Door het aanbrengen van een koppeling tussen dit tweede Bovenwerk en het oude Bovenwerk, greep, men terug op een vergelijkbare koppeling van het Borstwerk aan het Hoofdwerk, zoals die had bestaan tussen 1790 en 1866. De op het tweede nieuwe Bovenwerk geplaatste stemmen werden zo goed mogelijk aan het andere pijpwerk aangepast. De nieuwe lade werd in Hinsz-trant vervaardigd.

Hoofdwerk: 
De lade werd geheel gerestaureerd. Hierop werden twee nieuw gemaakte stemmen geplaatst, die in de dispositie van 1790 thuis hoorden: Tertiaan 2 sterk en Scherp 3 sterk. Als toetssteen werd de oude Octaaf 2' van het hoofdwerk gebruikt, die door Hinsz al uit het oude werk van 1676 was overgenomen.

3. Rugwerk: 
De lade werd geheel gerestaureerd, de kantslepen werden verwijderd. Hierop kwamen 3 stemmen uit de oude bezetting van 1790: Gedekte Quint 3', Sexquialter 3 sterk discant en Siffiet 1', alle aangepast aan het andere pijpwerk op deze lade.

Pedaal: 
De lade gelegen in de onderkast, ter weerszijden onder de zijtorens, werd geheel gerestaureerd. Hierop kwam een Nachthoorn 2' in plaats van de Quint 3'. In verband met de ruimte was het pedaal in 1788-1790 aangelegd op een 8 voets basis van de Prestant 8'. Daar het pedaal in verhouding met de rest van het orgel zwak klonk werd nu een transmissie gemaakt van de Prestant 16' van het Hoofdwerk.

4. Borstwerk:
De lade werd geheel gerestaureerd en hierop werden de oorspronkelijke vier stemmen uit 1790 geplaatst.

Klaviatuur: 
De toetsen van het klavier van het Rugwerk werden vernieuwd. De frontons van de toetsen werden gegraveerd. De bakstukken van de klavieren werden vernieuwd in Hinsz-stijl, zoals voorkomend op het orgel in de Martinikerk te Groningen. Het pedaalklavier werd nieuw gemaakt en uitgevoerd in eiken in Oud-Hollandse Stijl.

Algemeen: 
De frontpijpen werden van de oude tinfoelielagen ontdaan en opnieuw van foelie voorzien. Het schilderwerk rondom de speeltafel werd opnieuw uitgevoerd en de registerbenamingen weer in de oude staat teruggebracht. Twee beeldjes op het Rugwerk, die in de vorige eeuw verplaatst waren, werden op hun vroegere plaats teruggezet. Er werd een nieuwe orgelbank gemaakt in oude Stijl, eiken met lederen bekleding.

Het pijpwerk, dat over het algemeen voortreffelijk geconserveerd was, werd schoongemaakt, waar nodig hersteld, en op de oorspronkelijke plaatsen op de laden teruggezet. De labia werden niet verguld, daar dit ook voorheen niet het geval was geweest.

Ten aanzien van de afsluitingen nog het volgende. Men kan door gebruikmaking van de afsluiters zowel het nieuwe, tweede, Bovenwerk als het oude, eerste, geheel vrij bespelen. Een ingestelde registratie op een doorgekoppeld manuaal kan blijven staan, terwijl men toch andere registers van andere werken op het Pedaal kan laten klinken.

De dispositie zoals die bij het gereed komen van de restauratie in 1975 geworden is, luidt zoals weergegeven in DISPOSITIE 6 (met achter de stemmen de vermoedelijke ouderdom).

Op 13 december 1975 werd het geheel gerestaureerde orgel officieel namens de adviseurs en orgelmakers door Vente overgedragen aan het college van kerkvoogden, waarna namens dit college een dankwoord werd gesproken door president kerkvoogd A. Hengeveld. Deze overdracht vond plaats tijdens een presentatieconcert door de organist van de Bovenkerk, W.H. Zwart.

Van 1975 tot 1999 hebben de orgelmakers Bakker en Timmenga het orgel in de Bovenkerk in onderhoud gehad en is het stemwerk door hen verzorgd.

Uit 'Orgels en organisten in Kampen' - W.D. van der Kleij en W.H. Zwart (1995). Met toestemming van uitgeverij IJsselacademie uit Kampen overgenomen. Het boek is nog te koop o.a. via hun website: www.ijsselacademie.nl.